行政事业单位银行存款常见的问题是多头开户、私设小金库、资金闲置等。因此，除执行财政预算资金的审计程序外，应重点关注以下几个方面:

(一)摸清现有银行账户存款余额构成情况。检查单位年末存款余额结余，关注有无截留应上缴财政而未上缴的资金情况行政事业单位的开户情况。一般一个独立核算的行政事业单位除有特殊规定外，原则上只能开立一个基本存款账户，检查账户开设审批情况是否合规的问题。

专项资金存款户收支情况。行政事业单位专项资金应执行专款专用、专账核算原则。检查银行账户专项资金支付是否及时；还要进行银行日记账和银行对账单比对，是否存在将单位资金存为定期存款或进行委托理财等行为等情况。